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DNA芯片:無限空間有限可能

發(fā)布時間:2012-9-18 10:47    發(fā)布者:李寬
關(guān)鍵詞: DNA , 存儲
DNA是個生物數(shù)據(jù)庫,存儲著我們體內(nèi)的海量基因代碼?茖W家發(fā)現(xiàn),它的這種能力其實還可以用來存儲外部信息,一克DNA即能儲存上千億個千兆字節(jié),相當于1000億G的內(nèi)容。

近日,哈佛大學維斯生物工程研究所的研究人員將一本大約有5.34萬個單詞的書籍編碼到不到一沙克(億萬分之一克)的DNA(脫氧核糖核酸)微芯片中,連同文字一起的還有11張圖片和一段Java程序。這是迄今為止人類使用DNA遺傳物質(zhì)儲存數(shù)據(jù)量最大的一次實驗,被刊登在最新《科學》期刊上。團隊負責人喬治·丘齊(GeorgeChurch)表示:“今后,拇指大小的設(shè)備或許就能存下整個互聯(lián)網(wǎng)的信息。”

DNA存儲的“野心”

“利用DNA來存儲數(shù)據(jù)并不是一個新的概念。事實上,自從生物學確定了DNA結(jié)構(gòu),就有研究人員嘗試將其用于存儲和運算。北京華大基因研究中心醫(yī)學事業(yè)部主任甄二真告訴記者。

他介紹,DNA由4種堿基組成,分別為A(腺嘌呤)、C(胞嘧啶)、G(鳥嘌呤)及T(胸腺嘧啶),它們兩兩互補成對出現(xiàn),共同構(gòu)成了相互纏繞的雙鏈螺旋結(jié)構(gòu)。DNA可以被視為四位運算存儲方式,存儲量比二位運算存儲大得多。

“目前通用的存儲模式都是二位運算的。為了存儲更多數(shù)據(jù),早已有科學家嘗試過使用物理方法實現(xiàn)四位運算。但是技術(shù)上難以實現(xiàn),只能出現(xiàn)"有"、"無"、"中間"三種狀態(tài),也就是三位運算,無法實際操作!闭缍嬲f,與之相比,DNA是天然的四位運算,有四個不同狀態(tài),與二位運算相比存儲量大、運算速度也快得多。

處于信息爆炸的時代,很多科學家嘗試以DNA存儲數(shù)據(jù)。比如今年年初,臺灣國立清華大學和德國卡爾斯魯厄技術(shù)研究所以三文魚的DNA作為基礎(chǔ),制造出單次寫入多次讀取的存儲器。不過,這個DNA存儲器的有效時長只有30小時。

甄二真表示,這些DNA無法長期存儲數(shù)據(jù)是因為研究人員使用的是來自活細胞的基因組,這些細胞不僅會死亡,而且還會分裂復制,對其中存儲的數(shù)據(jù)有致命性打擊。

合成DNA:改變存儲模式

為了排除細胞會死亡、分裂、變異而使數(shù)據(jù)內(nèi)容發(fā)生改變的危險,丘奇率領(lǐng)的團隊避免使用活細胞,而是采用人工合成的DNA片段,并將片段用噴墨打印機嵌入到芯片上。

這一次,丘奇選擇存儲在合成DNA片段上的信息是他的著作《再生:合成生物學將如何改變未來的自然和自己》。首先,他把書中的圖片、文字、程序轉(zhuǎn)化為HTML格式的文件,再將其編譯為由0和1組成的電腦能夠讀懂的二進制數(shù)據(jù)。隨后,這些二進制數(shù)據(jù)被轉(zhuǎn)化為四種堿基,即把0轉(zhuǎn)為A或C,把1轉(zhuǎn)成G或者T,并將其建立在DNA雙鏈螺旋結(jié)構(gòu)上來。

至于讀取數(shù)據(jù)的過程其實就是測序,通過DNA測序儀將DNA序列中的編碼按順序排列,還原為二進制格式的數(shù)據(jù),用電腦“讀”出來。

盡管聽起來很復雜,甄二真表示其中重要一步就是將二進制數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為4位運算數(shù)據(jù)(A、C、G、T),做成DNA鏈結(jié)構(gòu),這可以使存儲量按級數(shù)增長。而以經(jīng)化學反應得到的合成DNA取代活細胞使得這項研究成果更符合現(xiàn)實意義。此前以細胞內(nèi)DNA來存儲信息一直無法取得技術(shù)突破,只能在短期內(nèi)保證數(shù)據(jù)安全,此次轉(zhuǎn)換思路是被《科學》認可的關(guān)鍵。

突破傳統(tǒng)存儲的極限

與目前流行的存儲方式相比,DNA存儲的最大優(yōu)勢就是單位存儲量大。北京郵電大學信息與通信工程學院副教授陳光表示,現(xiàn)在使用的光介質(zhì)和磁介質(zhì)在存儲量上都幾乎達到了極限,這就需要研究其他存儲方式,比如DNA存儲這樣的生物介質(zhì)。

他告訴記者,磁介質(zhì)包括磁帶、磁盤、硬盤等。硬盤的存儲量可達上百G,但由于現(xiàn)在硬盤數(shù)據(jù)存儲密度提升的空間已經(jīng)有限,基本不太可能出現(xiàn)單碟1000G的硬盤,所以如果硬盤體積不變,容量難以實現(xiàn)大幅突破。而CD、DVD等光介質(zhì)存儲對表面積的要求更大,磁介質(zhì)可以分幾層存儲數(shù)據(jù),光介質(zhì)只能單層平鋪保存信息,單位存儲量更小。

DNA可以很好地解決這一存儲量的問題。甄二真表示,這不僅與四位運算的特性有關(guān),也與DNA特有的雙鏈螺旋結(jié)構(gòu)有關(guān)。這一結(jié)構(gòu)可以把DNA序列壓縮得足夠小,整個立體空間都可以利用,比磁介質(zhì)和光介質(zhì)的平面存儲更具優(yōu)勢。按照哈佛團隊給出的數(shù)據(jù),“一克DNA即能儲存上千億個千兆字節(jié),相當于1000億G的內(nèi)容”。

此外,合成DNA的穩(wěn)定性也很優(yōu)秀。陳光介紹,磁介質(zhì)是建立在電磁的基礎(chǔ)上,工作環(huán)境受到限制,容易出現(xiàn)消磁等現(xiàn)象;而光介質(zhì)受環(huán)境影響小一些,但耐久性不理想。與這兩者相比,合成DNA不存在細胞死亡、變異等影響,在室溫下很穩(wěn)定,甚至可以存放數(shù)萬年而不變。

來源:北京青年報

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